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要了解海参的内部器官构造，必须将海参解剖。由肛门的背缘开始至触手列的外侧，用剪刀沿背侧将体壁切开，然后：把纵切断部的两侧左右分开，边缘用大头针固定于蜡盘上，然后加水将其淹没，以观察其内脏。刺参尽管其外形令人生畏，但其内脏还是绮丽可观。
（1）体壁 体切开后即可见到厚的体壁，这是供人们食用的部分，在体壁的内面有5条纵走的’肌肉束，3条位于腹壁。各束中央有工狭长的纵沟。
（2）消化系统 由口、咽、食管、胃、肠及排泄腔组成。口位于围口膜中央，周围有括约肌，没有咀嚼器。触手将其抓捕黏着的食物送人口中，借括约肌的收缩送入咽部。咽部为口向下的一段，其周围有1个石灰环，石灰环是由5个白色石灰质的辐片和5个间辐片构成的，咽部下段为食管。
食管下端是富有弹性的胃囊。胃囊下连接着粗细大致均匀的肠管，肠是消化食物和吸收营养的部分。肠管为体长的3倍多，肠靠腹壁的悬肠膜连接悬挂在体腔内。肠道首先在体的右侧直向体的后端，此段称之为第一小肠，然后在左侧，复又折向上方，为第二小肠，最后再在体中央折向下方，称之为大肠，终于肛门，肛门在体的末端。肠壁很薄，肠前部2/3段多为黄色，后段为淡黑色。
肠末端的膨大部分为排泄腔，其周围有许多放射状肌肉连接在体壁。由于辐射肌的伸缩，使排泄腔能排出粪便，并可使海水进、出水肺（呼吸树），以行呼吸和排便作用。
（3）呼吸系统 从排泄腔的侧壁向体腔内伸人1条短而粗的薄壁管，再由此分出2枝树枝状的管子，各枝向前端分出多数小分枝盲囊，称之为呼吸树或水肺。呼吸树左侧常较右侧长，左侧呼吸树的细枝与肠管上面的背血管丛（血管网）相密接；右侧的前端盲囊则不与血管相接，直接进人体腔中。呼吸树除有呼吸作用外还兼有排泄作用。
（4）右灰环 石灰环位于食管前端，是一个膨大的不透明的球状环，它包绕着咽部j即各由5个主辐和间辐组成的10个大型的骨板结合成包围咽部的咽球（pharyngeal bulb），它支撑并保护着消化管的始端。
（5）水管系统 又称步管系统。它可分为环状水管和辐水管。
①环状水管 环状水管在石灰环的后方，围绕着食管，是一个无色透明的小环。在环水管的腹铡，伸出1个膨大且尖端变细的盲囊，称之为波里氏囊，一般认为它具调节水管内水压的作用。环水管的背侧有1个细而白的，多少有些弯曲且尖端膨大的细管，称之为石管。石管嵌在背悬肠膜内，末端成为筛板。刺参的筛板是生在体腔内的，这与海星及海胆类筛板的位置不同。筛板通常为进入海水的通道，由于刺参的筛板在体腔内，因而水管内的液体来自于体腔液。②辐水管 从环状水管发出5条辐水管，每个辐部有1条，其中2条在背面，3条在腹面。5条辐水管向后各沿5条纵肌中央纵沟延伸到体末端，同时它向两侧分出许多侧枝，其腹面的侧枝连接管是，背面的侧枝连接疣足。在管足的基部形成坛囊，坛囊的肌肉伸缩能力很强，囊内有瓣状的构造，能配合囊的伸缩使水流出人管足，坛囊的收缩作用亦可帮助身体的运动，环水管向前分出触手水管伸人触手内腔，在其基部同样有触手坛囊。
（6）循环系统 刺参无心脏，其血循环系统是由血管及血窦（也称异网）组成。血液透明呈淡褐色。
①背肠血管 它位于肠的背面。在肠前段2/3处呈U字形。
这条血管向肠壁分出很多细小的支管，右侧的支管较为粗大，分支也少；左侧的支管较细，分支也多，构成背血窦，它与左侧的呼吸树相密接。
②腹肠血管 位于肠的腹面，并且在第一和第二小肠的前1/3处靠1条横的较粗血管将两段肠上的腹血管相连。
③环状血管 黄白色，位于环状水管的后缘，它连接着两条背、腹血管。此外，腹肠血管的支管又分出无数毛细血管与背肠血管所分出的无数毛细血管相密接。
江静波等认为海星、海胆、海参和蛇尾都有围血系统（伪血系统）和循环系统，而海胆、海参的循环系统较明显。围血系统（（Perihaemal system）是由体腔的一部分演变而来，其血窦是原体腔的残留，由许多不规则的葡萄状空隙构成，又称腔隙组织。其所含液体内含游离的细胞（海参是红细胞），因此相当于其他动物的血管。Hyman（1983）认为这种血液系统的管道缺少衬膜层，最好称为血窦或血腔隙。笔者考虑到以前多数著者的习惯用法，因此仍称为循环系统，实际上应改为围血系统。
（7）生殖系统 生殖腺位于食管悬垂膜的两恻，为1束树枝状的细管。其主分枝为11~13条分枝组成，其分枝很长，在生殖季节有的分枝可达⒛~30厘来甚至更长，各主、分枝又分出若干次级小分枝。这些主分枝向前在食管悬垂膜处汇合成为一总管，它通过体壁开口于头背侧的生殖孔。
在生殖季节，雌性生殖腺呈橘红色。雄性生殖腺呈淡乳黄色或乳白色。非生殖季节生殖腺细小，难以从生殖腺的颜色上分辨雌、雄。刺参虽为雌雄异体，但在外观上尚难以区分出性别。
（8）神经系统 刺参的神经系统与其他棘皮动物相似。神经组织是由网状神经纤维构成神经丛，再由神经丛构成神经系统。
①口神经系统 又称为外神经系统，有围食管的神经环，由神经环伸出5条辐神经达体后端。其排列与水管系统相同，其分枝末梢分布在管足、疣足和触手的各坛囊以及体表皮层内，呈弥散神经网，专司感觉作用。
②下神经系统 又称深层神经系统。它位于口神经系统之内，神经末梢分布在体腔内壁及环肌和纵肌上，专司运动作用。
（9）骨片 海参体壁内有许多微小的石灰质骨片。这种骨片的形状随着年龄而变化。