南极磷虾的脂肪酸含量为2.11％，属中脂类型，比对虾高，主要是不饱和脂肪酸含量相当高，占70.36％，饱和脂肪酸含量较低，前者是后者的2.4倍。在不饱和脂肪酸中合人体必需脂肪酸的亚油酸占4.02％，比对虾油要高。 南极磷虾中含有各种营养的金属元素，分析结果，磷虾的全虾中灰分含量为3.37％，虾肉中为2.36％，比对虾高。
磷虾是一种天然的类胡萝卜素资源。磷虾体内高于95%的色素都以虾青素的形式存在；而虾青素是唯一的可以粘着于鲑鱼体表的色素。当饲料中含有磷虾时，鲑鱼的体表颜色可以达到与野生鲑鱼（色调）一样的效果。由于磷虾体内的色素已经酯化，所以具有更好的稳定性。
虾青素不仅仅是一种色素，它具有抗光性和抗氧化作用。而且，研究还证实虾青素具有促进鱼类和虾类的生长和免疫机制的作用。此外，虾青素还对虾类的成活率的提高具有明显作用。以此可以推测，南极磷虾可以增强幼体的成活率。
